La idea de un documento sobre este tema se presentó por primera vez al comité de Etica Médica en 1953. Sin duda que las asociaciones miembros que solicitaron el estudio de este asunto estuvieron inspiradas en parte por los horrores - revelados durante los juicios de Nuremberg - de médicos que participaron en experimentación en seres humanos sin importarles el bienestar de esas personas. En consecuencia, la AMM sintió la necesidad de proporcionar a los médicos de todo el mundo recomendaciones que los guiaran en la investigación biomédica en seres humanos. Después de muchos años de discusiones y de investigación, se preparó un proyecto de Declaración que se presentó originalmente en 1961, fue examinado y revisado varias veces hasta su adopción final en la 18ª Asamblea General de Helsinki en 1964.

La Declaración se mantuvo sin cambios hasta 1975, aunque en varias ocasiones hubo intentos o sugerencias de revisarla conforme al rápido avance de la tecnología médica. El Consejo no se demoró en nombrar a un subcomité especial formado por tres médicos escandinavos (Clarence Blomquist de Suecia, Erik Enger de Noruega y Povl Riis de Dinamarca) para realizar una revisión que representara de manera más específica las ideas y entregara normas más detalladas. Las recomendaciones de este comité fueron aceptadas por la 29ª Asamblea General en Tokio, Japón en 1975.

Aunque el enfoque general y las ideas principales se mantuvieron, las revisiones de 1975 fueron extensas: cambio de terminología a través del texto, 17 párrafos nuevos, enmienda de varios puntos existentes y reestructuración del documento. El resultado de estos cambios fue que la lista de "Principios Básicos" fue alargada y se agregaron las dos categorías siguientes (la primera aborda la investigación combinada con la atención terapéutica y la segunda, la investigación con fines exclusivamente científicos) para entregar normas más específicas en esas circunstancias particulares.

En 1983, todas las Declaraciones de la AMM fueron revisadas para asegurar la consistencia y el uso de la terminología actual. La Declaración de Helsinki fue revisada nuevamente, aunque la mayoría de las revisiones fueron de redacción. El único cambio importante fue una nueva cláusula que estipula: "cuando un menor tome parte en la investigación se debe obtener su consentimiento".

En 1989, la Asociación Médica de Alemania expresó su preocupación por el Principio Básico 2 de la Declaración que pide que se debe remitir un protocolo experimental a "un comité independiente especialmente designado". La Asociación Médica de Alemania presentó una enmienda para definir de manera más clara la designación y la condición de este comité que fue adoptada por la Asamblea de Hong Kong en 1989.

La Declaración volvió a ser enmendada en la 48ª Asamblea en Sudáfrica en 1996. Esta vez se agregó una nueva frase a fin de "no excluir el uso de placebo inerte en los estudios en que no existen métodos diagnósticos o terapéuticos probados".

Para cerrar esta sección sobre la Declaración de Helsinki se debe hacer notar que este documento de la AMM ha tenido un gran impacto en la experimentación humana y ha servido para establecer comités éticos en diversos países para controlar los projectos de investigación en seres humanos. Ha sido adoptada no sólo por las asociaciones miembros de la AMM, sino que también es recomendada por la Organización Mundial de la Salud y citada por muchos laboratorios internacionales, sociedades de especialidades médicas, comité de ministros del Consejo de Europa, etc.